1、 实用 生物信息技术课程第 5次作业 1 系统发生树构建和分析 姓名 _ 学号 _ 分组 编号 _ 日期 _年 _月 _日 1. 以 人 珠蛋白 基因 家族 12 个成员 蛋白质序列，采用 MEGA 7 邻接法 （ Neighbor-Joining）及默认参数， 构建系统发生树 。参阅 Burmester 和 Hardision 论文 ，说明 人 珠蛋白基因家族 12 个成员之间的演化关系 。 2. 以 人 珠蛋白基因家族 12 个成员 核苷酸 编码区 序列，采用 MEGA 7 邻接法及默认参数，构建系统发生树。 比较蛋白质序列和编码区序列构建的系统发生树的 异同 。 3. 以 人 珠蛋白基因
2、家族 12 个成员蛋白质序列，采用 MEGA 7 邻接法 ，选择不同氨基酸替换模型（ Substitution Model），分别 构建系统发生树 ，比较所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值（ Bootstrap value），说明 不同 替换模型 对结果的影响 。 4. 以 人 珠蛋白基因家族 12 个成员 编码区 序列，采用 MEGA 7 邻接法 ， 选择不同核苷酸替换模型，分别 构建系统发生树 ，比较所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值（ Bootstrap value），说明不同替换模型对结果的影响 。 5. 从 209 个不同物种血红蛋白 alpha 数据表（ http:/ Us
3、er Tree/Display Newick trees 绘制系统发生树。从 UniProt 中提取它们的蛋白质序列， 采用 MEGA 7， 构建系统发生树 。 选择适当的方法、模型和参数，以获得稳定性较好的系统发生树。 比较所构建的 基于分子数据的 系统发生树 与 基于 传统分类学 的系统发生树的异同 。 6. 以 人、小鼠和大鼠三个物种珠 蛋白 家族 37 个成员 编码区序列 ，分别采用 MEGA7 中邻接法、最大简约法和最大似然法 构建系统发育树， 选择适当的替换模型和参数，比较采用不同方法、不同模型和不同参数时所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值 。 7. 根据上述人、小鼠和大鼠三个
4、物种珠 蛋白 家族 37 个成员编码区序列系统发生树，参阅ABC Example，说明珠蛋白基因家族的起源和演化 。 8. 将上述珠蛋白家族系统发生树构建的思路、策略和方法用于 你 自己的 课题 研究， 阅读相关文献， 说明系统发生分析对课题研究的作用 。 参考文献 1. Burmester T, Ebner B, Weich B, Hankeln T. Cytoglobin: A Novel Globin Type Ubiquitously Expressed in Vertebrate Tissues. Mol. Biol. Evol. 2002 Apr; 19(4):416-421. 2. Hardison RC. Evolution of hemoglobin and its genes. Cold Spring Harb Perspect Med. 2012 Dec 1;2(12):a011627
