1、实用生物信息技术课程第 9次 作业 1 河豚鱼基因组 序列 片段和多药耐药基因序列 分析 姓名 学号 组号 日期 年 月 日 1. 研究背景和文献阅读 1) 阅读 刘勇博士 论文 ，简述 该论文的研究目的、研究方法和主要研究结果 。 2) 阅读河豚鱼基因组测序计划相关论文，说明河豚鱼基因组特点。 3) 阅读 NCBI 免费书架提供的 ABC 转运蛋白超家族（ The Human ATP-Binding Cassette (ABC) Transporter Superfamily）网络书籍 及其它相关论文，简述 ABC 转运蛋白超 家族分类和功能，说明人 ABCB1 家族（即 多药耐药 基因家，
2、 Mutidrug Resistance） 的 基因 结构、染色体定位、 序列 特征和主要功能 。 4) 阅读 Molecule of the Month 有关 多药耐药 蛋白的文章，说明哺乳动物和细菌 多药耐药 蛋白的异同 。 2. 数据库检索 和序列分析 1) 检索 UniProtKB序列数据库 中 ABCB1基因家族，列表说明已经过人工审阅的 序列 条目；对 上述序列进行多序列比对，说明比对结果 。 2) 浏览 人多药耐药基因蛋白质 注释信息 、文献报道和数据库交叉链接，说明其功能、亚细胞定位、组织特异性、互作蛋白、结 构域特征、剪接变体、 序列特征、基因结构、基因组定位、表达特异性 等
3、。 3) 检索 核酸 序列数据库中 人 ABCB1 基因的 mRNA序列 ，提取其编码区核苷酸序列，并将其翻译成蛋白质序列 。 3. 河豚鱼柯氏质粒基因组序列片段 分析 1) 提取 GenBank 中 刘勇等提交的柯氏质粒河豚鱼基因序列片段全长序列，用点阵图方法确定其中是否包含重复片段。 2) 用多种方法 预测 上述河豚鱼基因组重复片段基因结构，比较它与人 ABCB1 基因 结构 的异同 。 3) 分析 上述重复 序列 的全长基因 DNA序列 、编码区 序列 及其翻译得到的氨基酸序列的相似性，说明分析结果。 4) 用 WebLab 中 coderet 程序提取上述柯氏质粒河豚鱼基因组序列条目中
4、所有基因的编码区序列和所编码的氨基酸序列。 5) 用点阵图方法分析上述提取的序列中第一个基因（即多药耐药基因 MDR2）所编码的氨基酸序列，说明是否有重复结构域。 6) 用多种跨膜螺旋预测程序预测 上述 MDR2 蛋白质序列中可能的跨膜螺旋。 4. 数据库搜索 1) 以上述河豚鱼基因组多药耐药基因 全长序列，用 BlastN 搜索 人基因组核酸序列数据库 ，调节 不同 参数 ， 比较 搜索结果 。 2) 以上述河豚鱼基因组多药耐药基因编码区序列，用 BlastX 搜索人基因组蛋白质序列数据库，调节不 同参数，比较搜索结果。 3) 以上述河豚鱼基因组多药耐药基因氨基酸序列，用 BlastP 搜索人基因组蛋白质序列数据库，调节不同参数，比较搜索结果。 4) 分析上述搜索策略，说明 Blast 数据库搜索工具的正确使用 方法，举例说明不同 参数 对结果的影响 。 5. 归纳总结 1) 通过以上河豚鱼柯氏质粒基因组序列片段分析 过程，说明基因组序列分析的一般方法 ，所实用生物信息技术课程第 9次 作业 2 用软件种类和基本原理，以及不同软件的适用范围和优缺点 。 2) 将以上 基因组序列片段分析 方法用于与你研究课题相关 基因组序列分析， 说明分析结果。
