1、实用生物信息技术课程第 3次作业 1 UniProt数据库 高级 检索 及 数据条目注释信息 姓名 _ 学号 _ 组号 _ 日期 _年 _月 _日 1. UniProt 蛋白质序列数据库 1) 参 阅 Swiss-Prot和 TrEMBL统计报表（ Release Statistics） ， 列表说明 这两个 子 库 的总数据量，以及不同蛋白质证据（ Protein Existence）的数据条目数 。 2) 列表说明以下 已基本完成基因组测序的重要 模式生物 和你研究课题相关的物种 数据条目数 总数 N、已审阅序列 条目 数 Nr、具有蛋白质证据的序列 条目 数 Np、在参考序列数据库 Re
2、fSeq 中具有 mRNA 序列的 序列 条目数 Nm、在蛋白质结构数据库 PDB中具有结构的 序列 条目数 Ns。 物种 拉丁文学名 英文名 N Nr Np Nm Ns 人 小鼠 斑马鱼 黑腹果蝇 秀丽线虫 酿酒酵母 大肠杆菌 K12 拟南芥 课题相关 物种 2. 人珠蛋白家族 检索 1) 写出 从 UniProt 数据库中检索 已审阅的 人珠蛋白 （ globin） 家族 12 个亚基 的步骤 。 2) 列表说明这 12 个珠蛋白的登录号、蛋白质名称、和序列长度 。 3) 与血红蛋白 alpha 亚基差异最大的序列是哪个？相同位点百分比？ 4) 与血红蛋白 beta 亚基差异最小的序列是哪
3、个？差异位点共多少个？ 3. 列表说明 从 UniProt 数据库中检索 以下序列条目的步骤和结果 ： 1) 所有 拟南芥序列 2) 已审阅 拟南芥序列 3) 已审阅拟南芥序列中具有 蛋白质证据 的 序列 4) 已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、且 具有 跨膜 螺旋的 序列 5) 已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和 信号肽的序列 6) 已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽、 并具有二硫键的序列 7) 已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋、信号肽、二硫键，且已经测定三维结构的序列 4. 利用高级检索功能，从 UniProt 数据库中检索 你课题相关 或 最感兴趣的蛋白质 ，阅读其注释信息 和 相关文献，并通过 数据库交叉链接，总结该蛋白质的研究进展。 5. 序列条目注释信息 1) 以 人血红蛋白 alpha 亚基为例， 说明 该 序列条目的 注释信息包括 哪 几个主要类别 。 2) 以人血红蛋白 alpha 亚基为例，说明 该 序列 条目中 和序列 及 序列上不同位点相关的信息 主要包括哪些。 3) 以人血红蛋白 alpha亚基为例，说明 该 序列 条目中 和 结构 相关 的信息 主要包括哪些。 4) 以人血红蛋白 alpha 亚基为例，说明数据库交叉链接（ Cross Reference）主要包括哪些数据库。
