.自噬体的检测 电子显微镜检测：电子显微镜检测形态学超微结构被认为是检测自噬体的金指标。在透射电镜下可见未消化的胞浆成分或损伤的细胞器（如线粒体、内质网片段等）周围出现空泡状双层膜样结构，随后双层膜环绕并封闭形成自噬体，然后与溶酶体融合，变成单层膜结构，其中含有降解不同阶段的胞浆成分。一般来说，降解物的电子密度会增加，形成黑色颗粒状或不定形的聚集，因此也能够辨认。 吖啶橙（AO）、丹酰戊二胺(MDC)染色法：吖啶橙（AO）染色法是利用对pH敏感的原理标记酸性囊泡细胞器结构。AO是一种具有细胞渗透性的荧光染色方法，可以染色DNA和胞质为亮绿色。AO也可以渗透进入酸性细胞器，例如自噬溶酶体，当pH值较低的时候，AO发出红色荧光，且强度与酸性程度相关。所以在AO标记的细胞中，酸性囊泡细胞器结构可以通过流式细胞仪或者在荧光显微镜下观察到。丹酰戊二胺(MDC)染色法也是一种常用的酸性细胞器标记技术，但有研究发现MDC荧光信号主要集中于核周，而自噬体结构一般散在分布于细胞质。说明其并不是一种好的自噬体标记物。 自噬体膜标志性蛋白质的检测：自噬体膜上标志性蛋白质有ATGl2-A
