1、 1 / 4技术指标参数及要求货物名称 技术指标参数及要求 数量 备注1 应用范围（或用途）：。2 配置（或系统组成）2.1 软件 1 套3 技术指标*3.1 软件必须是国际通用、技术成熟的商用软件，所有功能模块为原厂商开发并整合在统一的软件图形界面下使用。*3.2 软件必须为标准“客户端 - 服务器”结构，两端可同时支持Windows和Linux操作系统，所有模块都支持工作流技术。*3.3 所有模块必须能实现数据共享，同时能够在局域网上浮动运行。为保证全部软硬件系统的安全性、可维护性和保密性，所有模块在运行时只允许使用一个许可证加密文件。3.4 软件为永久使用权，首次安装须一次性提供大于80
2、年的许可加密文件，自安装之日起提供为期壹年的软件免费升级。*3.5 提供核心基础模块包，实现基本的分子结构显示、分子构建、结果分析、Perl编程、任务管理等工具，基于Pipeline Pilot技术实现软件所有模块之间的无缝操作链接流程。核心基础模块包主要功能包括：*3.5.1 Standalone：可视化界面，服务器/客户端安装在同一台机器上，提供化学/生物学数据显示、模拟/分析、构建三维分子、展示动态变化、三维作图及许多其它功能。提供该模块1个使用许可。*3.5.2 CHARMm：来自Harvard大学Dr. Martin Kaplus的经典的分子力学和动力学模拟工具，要求商业版本且与上述
3、可视化界面完美结合、通过Standalone可视化界面或者命令行两种方式提交并完成计算任务，包括基于CHARMm力场的柔性对接工具CDOCKER。提供该模块1个使用许可。*3.5.3 Biopolymer：蛋白质、肽类和核酸结构搭建、修改和分析的工具，包括著名的静电分布计算工具DelPhi以及基本的X-Ray工具。提供该模块1个使用许可。*3.5.4 Protein Refine：针对MODELER的模建结果，基于CHARMm进行蛋白质氨基酸侧链和loop区的优化，提高模建结果的合理性。提供该模块1个使用许可。3.5.5 Analysis：动力学计算结果图形分析工具，能够分析和显示蛋白质、蛋白
4、质与配体复合物的分子动力学轨迹文件。提供该模块1个使用许可。3.5.6 Catalyst Score：化合物和药效团叠合并打分，为结构修饰和改造提供信息。提供该模块个使用许可。1 软件3.5.7 Catalyst Conformation：多样、完全且快速的构想模型生成工具，可产生化合物的多构象模型，可选择采用Polling或CAESAR算法，也可采用系统搜索或随机方法生成构象。提供该模块1个使用许可。2 / 43.5.8 QUANTUMm：QM/MM计算工具，结合CHARMm和DMol3的功能完成受体-配体结合能计算。提供该模块1个使用许可。3.5.9 DMol3 Molecular：密度泛
5、函量子力学计算工具，计算分子中与电子相关的描述符。提供该模块1个使用许可。3.5.10 MMFF：Merck力场，来自于从头算和实验数据的第二类力场，专门为准确处理构象能和非键相互作用。提供该模块1个使用许可。3.6 提供基于受体结构的小分子设计工具包，主要功能包括：*3.6.1 CFF：ClassII力场，可优化DNA、RNA、糖类、脂质、蛋白、多肽及小分子模型的高级力场参数。提供该模块1个使用许可。3.6.2 De Novo Evolution：基于Ludi产生全新的小分子或对已有母核进行侧基改造。提供该模块1个使用许可。3.6.3 Flexible Docking：融合了蛋白侧链优化、H
6、otspot对接方法、配体多构象生成等多种方法，使用经典的CHARMm力场进行柔性对接的工具。提供该模块1个使用许可。3.6.4 DS Libdock：将柔性配体快速对接到受体相互作用热区(Hotspot)的对接工具。提供该模块1个使用许可。3.6.5 LUDI：基于受体结构的全新小分子设计工具。提供该模块1个使用许可。3.6.6 Catalyst DB Build：建立和管理Catalyst数据库，数据库中可以包括一维、二维、三维和形状属性。提供该模块1个使用许可。3.6.7 Catalyst DB Search：利用一维、二维、三维和形状作为联合检索条件，搜索Catalyst数据库。提供该
7、模块1个使用许可。*3.6.8 Catalyst Hypothesis：自动的药效团产生工具，包括原Catalyst中三种生成药效团的方式：HypoGen (3D-QSAR Quantitative Pharmacophore), HipHop (Common Feature Pharmacophore), and HypoRefine (Excluded Volume from Inactives). 提供该模块1个使用许可。3.6.9 Catalyst SBP基于受体结构反推与受体相作用的小分子的药效团。提供该模块1个使用许可。3.6.10 Catalyst Shape基于分子形状产生药效
8、团特征。提供该模块1个使用许可。3.6.11 De Novo Ligand Builder基于药效团的片段生长药物设计方法。提供该模块1个使用许可。MCSS：基于片断的小分子设计工具。提供该模块1个使用许可。4 技术服务4.1 设备的安装调试承诺在该合同所定设备到用户单位后，派有关技术人员前往用户指定地点进行安装调试，免收安装调试费。验收标准按厂家样本承诺的指标验收。3 / 44.2 保修期自技术人员对该设备安装调试合格之日算起，12个月内对仪表实行保修。4.3 人员培训承诺对用户的有关人员进行技术培训，培训方式为现场培训和长期交流，现场培训在仪器安装调试完成时进行，达到用户相关人员能对仪器进行操作保养等必要技能熟练掌握。4.4 售后服务要求售后服务在 24 小时内能做出积极响应并安排出 48 小时内到达的计划；软件问题在 72 小时内解决4 / 4
