NAMD入门教程(一)(共35页).doc

预定目录1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展1.2 分子动力学模拟的基本原理1.3 分子动力学模拟相关软件2. 分子动力学入门2.1 基本设置2.2 生成蛋白质结构文件（PSF）2.3 蛋白质的溶质化2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟2.6 简单的结果分析3. 分析方法3.1 平衡态分子动力学模拟分析3.1.1 每个残基的RMSD值3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwell-Boltzmann ）能量分布3.1.3 能量分析3.1.4 温度分布3.1.5 比热分析3.2 非平衡态分子动力学模拟分析3.2.1 热扩散3.2.2 温度回音4 人工操纵的分子动力学模拟（SMD）4.1 除去水分子4.2 恒速拉伸4.3 恒力拉伸4