PAML软件的一些简单的具体的使用操作1. 首先用Clustal X进行序列比对：要保证：保证核苷酸序列是三的倍数，没有终止密码子，核苷酸序列的第一位是密码子的第一位。假设序列名为cox1.fas2. 使用DAMBE软件进行转换成PML格式。软件使用截图： 打开要换换的文件，然后“file” “save and convert sequence format”，在保存类型中选择“Yangs PAML”。那么此时的序列名为“cox1.PML”3 这样就可以得到文件“*.PML”，然后就直接把后缀改成“*.nuc”。那么此时的序列名为“cox1.nuc” 这样就完成了文件格式的转换。4 打开PAML软件的文件夹，找到文件名是“bin”的文件夹，打开之后，找到程序“codeml.exe”,把该程序复制到D盘的根目录下。（这一步并不是必要的，只是要把用到的几个程序放在同一个目录下）5 在你使用ClustalX进行序列比对的时候，会生成一棵进化树，适用treeview软件可以打开，你需要的是把文件的后缀名改称“*.trees”。即树的文件名是“cox1.trees”，这就完
