R语言-差异表达分析(共3页).doc

差异表达分析（用R语言和Matlab）1、 首次安装要打红色两行的命令 首次安装要选“a”2、 以后再用时只需从以下命令开始打：3、 在Excel中，将Mapping后的两组分析数据的read count 留下，rpkm等删去，制成三列的表格，然后将read count 设置为大于等于10，复制粘贴成文本文档（.txt，用记事本），保存。在R语言中调入txt文件：4、 分组如果是有生物学重复，则group - factor(c(1,1,1,2,2,2)5、 计算归一化参数6、 输入散步值须实验做得很精确才是0.4.(原核0.1，真核0.4)7、 计算P值Log正数是上调，负数是下调，PValue是要的P值8、 输出命令到相应文件夹找到文件。.csv文件可用Excel打开，打开文件后将P值升序排序9、 将logFC和PValue输入到Matlab中：logfc=。；p=。；出现表格如图10、做火山图先算logP：再作图：得图：