代谢组学数据挖掘及分析操作SOP-3页.doc

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代谢组学数据分析操作SOP 应用Masslynx的离线软件进行色谱峰自动识别,峰匹配(峰对齐)和归一化处理,生成biomarkers;(需较长时间,最好在台式电脑上操作比较快)1) 将生成的biomarkers导入simca-p12.0进行PCA分析,如果分的好采用此种方式,如果分的不好可进行剔除圈外点后进行PLS-DA分析,且进一步剔除圈外点(注:不是所有在圈外的点都应该剔除,选择性剔除较远点后,有的较近的点会自然落在圈内);2) Simca-p比较适合两组间的比较,所以组数不要太多,且分的组数比每组的样本数还多是绝对不允许的;3) 在PCA或者PLS-DA生成的scores图中可以看到各组间聚集效果,可以设置相应参数。在loading图中可以生成vip值列表,挑选VIP1的化合物进行下一步分析,如果太多可以选择峰面积比值在2以上的标志物为主要标志进行下一步分析;4) 对simca-p进行的两两比较的组,同样进行t-test检验,P0.05表示有显著性差异;同时满足以上两点的化合物可作为

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