Autodock 问题集锦1. autodock 给出的 binding energy 可靠性如何？Autodock 给出的结合自由能 仅仅是一个打分函数！ 很粗略的这个仅仅用来评判小分子与受体结合得是否好的一个标准。就如同 GOLD 或者 Surflex 等对接软件给出的 chemscore GOLD socre Cscore 等等这样的打分函数！是由半经验公式得到的，并不能准确的描述结合的自由能。除了 autodock 还有以下软件可以计算自由能或打分a. 原来的 Insight2005（现在的 DS）中的 docking ，可以给出两者相互作用能。包括静电能和范德华能。b. dock 也能算， MM/PBSA 打分，另外 schrodinger 旗下的 macromodel 模块， prime 模块都能算 binding energy2. 用 autodock 做对接，请问里面格子大小及其中心的选择依据格子的中心和你的活性位点有关 一般设在你的活性位点上即可，大小只要能包括你觉得可能发生作用的区域就可以了 3. AU
