Discovery studio: File - New - molecule window : 出现如下窗口，将所要处理的分子*.sdf文件拖入，Chemistry - hydrogens - dele 去掉所有氢，选中质子化的氮原子选中质子化的氮原子，Chemistry - charge:+1.Chemistry - hydrogens - add.（加上所有氢，包括质子化的氢原子）Pdbqt格式准备（pymol）：4M48-DAT.pdb用pymol读入：点右下方S键, 在左上方显示序列，选中21B，右侧显示有sele后，file - save molecular: sele - OK -重命名ligand.pdbFile - open - Duloxetine_3d.sdf Save molecular : Duloxetine-3d.pdb受体准备：1. Pymol软件：pymol打开两个蛋白分子的pdb格式，将SERT-model叠合到4M48-DAT上，保存叠合后的SERT-model.
