设计的目的是在两个目标间取得平衡：扩增特异性和扩增效率。引物分析软件将试图通过使用每一引物设计变化的预定值在这两个目标间取得平衡。设计引用有一些需要注意的基本原理：引物设计有3 条基本原则: 首先引物与模板的序列要紧密互补。 其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。 再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配) 。具体实现这3 条基本原则需要考虑到诸多因素,如引物长度(primer length) , 产物长度(productlength) ,序列Tm 值(melting temperature) ,引物与模板形成双链的内部稳定性(internal stability ,用G值反映) ,形成引物二聚体(primer dimer) 及发夹结构(du2plex formation and hairpin) 的能值,在错配位点(falsepriming site) 的引发效率, 引物及产物的GC 含量(composition) ,等等。必要时还需对引物进行修饰,如增加限制性内切酶位点,引进突变等。 引物长度和产物长度一般引物
