lncRNA芯片分析 修改时间2010/6/16 13:57:12 点击3210次 1. 归一化 lncRNA芯片采用的归一化的方法为quantile normalization。 2. 差异LncRNA的筛选 lncRNA芯片中既有lncRNA的探针又有mRNA的探针，分别做差异基因的筛选，筛选方法同表达谱的筛选方法是一致的，参见表达谱的差异基因筛选。 3. 差异lncRNA的重注释 lncRNA芯片注释不完善，因此需要将筛选出来的lncRNA进行重注释。将差异lncRNA在基因组上位置上下游延伸，以寻找lncRNA附近的有功能的基因。 差异lncRNA重注释示例 4. 差异lncRNA靶基因的预测 lncRNA可能通过调控相应的mRNA发挥功能，因此有必要预测lncRNA的靶基因。我们提取差异lncRNA和mRNA的序列，首先用blast进行初筛，之后用RNAplex进行进一步筛选，以预测lncRNA可能调控的mRNA。 差异lncRNA靶基因预测结果示例 5. 差异lnc
