引物设计原则:1上下游引物要保守 为了能够扩增出所需要的保守片段,必须对保守的100-200片段进行PCR扩增。所以引物的选取也要非常的保守。2上下游引物的长度一般为18-30bp之间,且Tm值在58-62之间,上下游引物的Tm值相差最好不超过2。3确保引物中GC含量在30-80%。应避免引物中多个重复的碱基出现,尤其是要避免4个或超过4个的G碱基出现。引物的3端最好不为G或/和C。引物3端的5个碱基不应出现2个G或/和C。4避免引物内出现反向重复序列形成发夹二级结构,同时也应避免引物间配对形成引物二聚体。5跨外显子设计引物,用于区别或消除基因组DNA的扩增。 探针设计的基本原则:1. 保守:探针要绝对的保守,有时分型就仅仅依靠探针来决定。理论上有一个碱基不配对,就可能检测不出来。2. Taqman探针的长度最好在25-32bp之间,且Tm值在68-72之间,确保探针的Tm值要比引物的Tm值高出5-10,这样可保证探针在退火时先于引物与目的片段结合。3. 确保探针中GC含量在30-80