真核生物启动子有三类，分别由RNA聚合酶、和进行转录。类别（class ）启动子：只控制rRNA前体基因的转录，转录产物经切割和加工后生成各种成熟rRNA。类别启动子由两部分保守序列组成：核心启动子（core promoter）：位于转录起点附近，从-45至+20；上游控制元件（upstream control element，UCE）：位于-180至-107；RNA聚合酶对其转录需要2种因子参与：UBF1：一条M为97000的多肽链，结合在上述两部分的富含GC区；1个TBP，即TATA结合蛋白（TATA-binding protein，TBP）；SL1：一个四聚体蛋白，含有 3个不同的转录辅助因子TAF；在SL1因子介导下RNA聚合酶结合在转录起点上并开始转录。类别（class ）启动子：类别启动子涉及众多编码蛋白质的基因表达的控制。该类启动子包含4类控制元件：+1基本启动子（basal promoter）：序列为中心在-25至-30左右的7 bp保守区，TATAAAA/T，称为TATA框或Gold
