多重序列的某个比对实际上就是多个序列之间的一种排列方式。图1是六个蛋白质序列片段的多重比对的例子。我们用字符“-”表示插入的空位。-GRRRSVQWCAVSNPEATKCFQWQRNMRKVR-GPPVSCLKRDSPIQCIQAI-KTVRWCAVNDHEASKCANFRDSMKKVLPEDGPRIICVKKASYLDCIKAI-VKWCVKSEQELRKCHDLAAKVAE-FSCVRKDGSFECIQAI-KEKQVRWCVKSNSELKKCKDLVDTCKNK-EIKLSCVEKSNTDECSTAI-EVRWCATSDPEQHKCGNMSEAFREAGI-QPSLLCVRGTSADHCVQLIAPPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQER-VTLSCVQKATYLDCIKAI图1多重序列比对对于一个比对，可以用SP模型对它打分以评价比对的好坏。我们假设得分函数具有加和性，即多重比对的得分是各列得分总和，那么，我们首先考虑如何给比对的每一列打
