实验四.多序列比对3页.doc

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实验四.多序列比对 一.实验目的:在多序列分析中,多序列比对具有广泛的应用,是许多其他分析的基础和前提,比如进化发生分析、构建位置特异性打分矩阵、找到一致序列等,本实验的目的是熟悉多序列比对相关的操作和编辑方法。二.实验基本要求:了解和熟悉多序列比对的原理和基本方法。三实验内容提要:1. 使用CLUSTALW 算法,比对一组蛋白质序列,该序列属于RAD51RECA,在DNA 的复制阶段起重要作用,这些序列可以从NCBI genbank、Uniprot 等序列服务器获取,序列的索引号码为:P25454,P25453,P0A7G6,P48295。将这些序列保存在一个文本文件。如果查询到的序列不止一个的话,选择第一个。a. 练习使用EBI CLUSTALW(http:/www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/);b. 将序列数据拷贝复制到窗口中;c. 采用默认参数进行比对;回答:clustalw 算法的基本原理?2. 在BAliBASE 网站查找一组蛋白

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