1、07 年完成基因组测序的生物生物通报道：在即将过去的 2007 年，动物、植物、微生物的基因组测序工作进行的如火如荼，多项基因组测序结果被公布，包括第一个个人基因组图谱、马基因组图谱、肺癌基因组图谱和多种致病性细菌的基因组测序结果。人类基因组测序的进一步深入世界首份个人 DNA 图谱出炉 57 年前，美国生物学家詹姆斯沃森与弗朗西斯克里克共同发现了脱氧核糖核酸(DNA)分子结构的双螺旋模型，并因这项基因研究领域的重大突破获得诺贝尔奖。今天，沃森成为自己研究的受益者-他将成为世界第一份完全破译的“个人版”基因组图谱的拥有者。 第一个个体基因组序列公布 来自美国克莱格凡特研究所（J. Craig
2、Venter Institute，由 TIGR 所建立），加拿大多伦多大学，加州大学圣地亚哥分校，西班牙巴塞罗那大学（Universitat de Barcelona）的研究人员近期公布了单个个体二倍体基因组序列，为未来的基因组比较打开了一道门，也开创了个体基因组信息的新纪元。杜克大学公布第一张人类基因组印记基因图谱来自杜克大学的研究人员创造了第一张人类基因组印记基因（imprinted genes）图谱，并且他们表示其成功的关键在于一个称为机器学习（machine learning）的人工智能形式：modern-day Rosetta stone。这项研究新发现了四倍于之前识别的印记基因，并
3、即将公布在 12 月 3 日Genome Research封面上。完成测序的动物第一张马基因组图谱草图公布国际马类基因组序列计划（the international Horse Genome Sequencing Project）宣布，科学家们首次完成家马（(Equus caballus)）的基因图谱草图，得到了 270 万个 DNA 碱基对的数据，全部数据已经进入公共数据库，可免费供全世界的生物学家和兽医学家使用。自然封面：首个有袋动物基因组序列公布一种灰色短尾负鼠（Monodelphis domestica）的基因组测序的完成则为这一推测给出了切实的证据。负鼠是第一个完成基因组测序的有袋动
4、物，测序结果公布在 4 月 10 日的自然杂志上，而且这种小动物还登上了该期杂志的封面。家猫基因组测序完成在新一期的Genome Research杂志上发表的一篇文章公布了对家猫(Felis catus)基因组的首个装配、注释和比较分析详细信息。研究人员对一只四岁大的名叫 Cinnamon 的阿比西尼亚猫（Abyssinian cat）的 DNA 进行了测序。之所以选取这种猫是因为对它的血统很了解，能够追溯到几代前的瑞典。10 种灵长类动物基因组研究成果公布在最新一期的基因组研究杂志的网络版上，来自美国科罗拉多卫生科学中心大学和斯坦福大学的研究人员公布了一项大规模基因组研究的结果。该研究的目的
5、是分析调查 10 种包括人类在内的灵长类动物之间基因复制数量的差异，剩余九种灵长类动物分别为黑猩猩、大猩猩、倭黑猩猩、猩猩、长臂猿、短尾猿、狒狒、狨和狐猴。这项研究系统地分析了不同种系灵长类动物的基因和基因簇。在漫长的 6000 万年的进化过程中，这些基因曾发生过基因拷贝数的增加和缩减。老鼠基因组单体型图谱出炉美国的研究人员希望通过对 15 只常用于生物医药研究的小鼠的 DNA 进行研究来帮助科研人员确定出与环境疾病敏感性相关的基因。目前这些数据被存放在了基因变异数据目录之下，即小鼠基因组单体型图谱（将染色体分隔成许多小的片段），从而帮助研究人员找出小鼠中影响健康和疾病的基因和遗传变异。这个单
6、体型图谱公布在 7 月 29 日的自然杂志上，该图谱首次完整描述了小鼠基因组测序和 SNP 计划的分析数据。该研究计划由美国环境卫生科学研究院进行。屠志坚等人参与完成伊蚊基因组测序工作登革热是一种由登革热病毒所引起的传染病，受感染后所产生的临床病征从非特异性症状，到严重可致死的出血热皆有可能。这种疾病的主要传播者则是伊蚊。现在，埃及伊蚊首个基因组草图的完成将为研发预防和控制登革热和黄热病的新药物和疗法奠定基础。这项研究计划的主要负责人是美国基因组研究所的Vishvanath Nene 和法国 Notre Dame 大学的 David Severson。这个基因组是包含了基因和其他 DNA 片段
7、的完整一套的遗传物质信息。这项研究的结果发表在5 月 18 日的 Science Express 上。来自世界 24 所大学和研究机构参与了这项研究。参与该项研究的研究人员还有多名华人科研工作者，他们是弗吉尼亚理工的屠志坚（Zhijian Tu）副教授、朱劲松（Jinsong Zhu ）副教授、李颂（Song Li）。自然封面：首个有袋动物基因组序列公布包括人类在内的现代哺乳动物并没有进化出太多新的基因，而是常常对已有基因进行重新编排。在这个过程中，之前被认为是垃圾的遗传成分起到意外的辅助作用。基因组学专家多年来一直只是推测垃圾 DNA 有这种功能，而现在一种灰色短尾负鼠（Monodelphi
8、s domestica ）的基因组测序的完成则为这一推测给出了切实的证据。负鼠是第一个完成基因组测序的有袋动物，测序结果公布在 4 月 10 日的自然杂志上，而且这种小动物还登上了该期杂志的封面。从海葵基因组看多细胞动物的进化象鼻鲨基因组研究 获美国资助 766 万 测序的植物葡萄基因组测定完成 一项由法国科学家领导的最新研究捍卫了法国作为“葡萄酒之都”的荣誉，他们完整测定了一种葡萄的基因组。葡萄也由此成为人类完成基因测序的第一种水果作物和第四种开花植物（其它 3 种分别是小麦、拟南芥和白杨木），这有望加深科学家对开花植物进化过程的理解。相关论文 8 月 26 日在线发表于自然杂志。阿联酋生技
9、中心将测序海枣基因组阿联酋迪拜生物技术和基因工程区域中心计划测序海枣（date palm）的基因组。根据该中心的网页上的消息，该中心董事会日前为开始进行灵活的研究计划开出绿灯。而海枣计划将是该中心向着好的方向发展的开端。这种研究计划旨在利益海枣的基因组数据来确定或者开发出对付那些威胁这种植物的疾病的方法。研究人员将会在阿联酋大学海枣中心进行这项研究计划。阿联酋是世界第四大海枣生产国。烟草基因组计划 测序的微生物抗药 TB 基因组序列公布一个国际研究队伍公布了一种具有极强抗药性的结核杆菌基因组的初步数据。哈佛大学公共卫生学院的研究人员表示，该项目的目定是开发出一种能迅速诊断这种疾病的检测方法。这
10、种所谓的结核分枝杆菌的 XDR 株与最近在南非KwaZulu-Natal 爆发的导致 50 多人死亡的疫情有关。迄今为止，在该地区已经确定出了超过 300 个 XDR 病例。科学：基因组数据再分析解开死亡基因之谜到目前为止，科学家已经积累了大量的基因组数据“矿藏”。而那些被忽略的数据则可能揭示出非比寻常的重要信息。现在，美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)进行的一项对大量微生物基因组序列数据的系统性的再次分析正是这样的一个绝佳例子。这项研究鉴定出了杀死了测序过程中使用的细菌的基因。该研究还给出了发现新抗生素的可能策略。这项研究的发现刊登在 10 月 19 日的科学杂志上。自然生物技术：黑曲霉基因组测序计划完成荷兰工业化学公司 DSM 已经完成了一项测序黑曲霉（Aspergillus niger CBS513.88）基因组的合作计划。DSM 公司利用这种黑曲霉来生产酶和其他化合物。DSM 和它的合作者们将这项测序计划的结果公布在 2 月号的自然生物技术杂志上。DSM 表示，除去该公司外，参与这项测序计划的还有 29 个研究机构，包括 Gene Alliance、Biomax 、Affymetrix、阿姆斯特丹大学等。这种 A. niger 的基因组大约有 3390 万个碱基对，并且构成超过 14000 个独特的基因。其中大约 6500 个基因的功能将被确定
