纯水水溶液的径向分布函数和氢键统计(共7页).docx

模拟细节温度：300K 水模型：tip3p 盒子大小：444nm3 水分子个数：2180时间：1ns 步长：2fs 长程静电：PME 温度耦合：V-rescale压力耦合：Parrinello-Rahman pbc:xyz 邻区搜索：grid1、O-O径向分布函数统计2、O-H径向分布函数统计 3、H-H径向分布函数统计 4、扩散系数及计算采用Einstein法其几何解释是扩散系数为均方位移(Mean Square Displace- ment,简称MSD)对时间作图趋于无穷时斜率的1/6。式中, D 为扩散系数, N为体系粒子数,t为时间, ri(t)为t时刻i粒子的位置,ri(0)为0时刻i粒子的位置。MSD结果如下图：gromacs直接输出D值，即为水的扩散系数：D Water = 5.6848 (+/- 0.0057) (1e-5 cm2/s)5、氢键的统计：（1）氢键随时间的分布，最后100ps