应用PHYLIP构建进化树的完整详细过程(共4页).docx

上传人:晟*** 文档编号:8623586 上传时间:2021-11-24 格式:DOCX 页数:4 大小:20.96KB
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资源描述

精选优质文档-倾情为你奉上一、获取序列一般自己通过测序得到一段序列(已知或未知的都可以),通过NCBI的BLAST获取相似性较高的一组序列,下载保存为FASTA格式。用BIOEDIT等软件编辑序列名称,注意PHYLIP在DOS下运行,文件名不能超过10位,超过的会自动截留前面10位。二、多序列比对目前一般应用CLASTAL X进行,注意输出格式选用PHY格式。生成的指导树文件(DND文件)可以直接用TREEVIEW打开编辑,形式上和最终生成的进化树类似,但是注意不是真正的进化树。三、构建进化树1.N-J法建树依次应用PHYLIP软件中的SEQBOOT.EXE、DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE和CONSENSE.EXE打开。具体步骤如下:(1)打开seqboot.exe输入文件名:输入你用CLASTAL X生成的PHY文件(*.phy)。R为bootstrap的次数,一般为1000 (设你输入的值为M,即下两步DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE中的M值也为1000)odd number: (4N+1)(eg: 1、5、9)

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