1、分子系统发育分析毛理凯本课目录n 总括n 多序列比对n 构建系统树n 系统发生软件2一、总括3系统发生学 (phylogenetics)n 亦称系统学 ,种系发生学 ,种系发生系统学(phylogenetic systematics)n 在希腊文中l phylon = tribe, race(种系 )l genesis = birthn 研究生物群体 (如 :物种 ,种群 )之间的 进化 关系4相关概念n phylogenetic taxonomy(系统发生分类学 )l 是系统学的一个分支l 根据 进化 相关度对生物群体分类n phylogeny (=phylogenesis系统发生 )l 生
2、物群体的产生和进化n 分子系统学 (molecular phylogenetics)l 将 核酸 ,氨基酸序列 作为进化特征5系统发生树 (phylogenetic tree)n 也叫系统树 ,进化树 (evolutionary tree),生命树 (tree of life)n 对物种之间的进化关系的一种描述 ,这些物种被认为有 共同 祖先叶叶 ,节点节点关系关系 ,时间时间6有根树和无根树n 有根树 (rooted tree)l 有共同祖先n 无根树 (unrooted tree)n 树 空间 (tree space)l 从已知序列可以产生许多系统树l 来自几何7无根树和有根树的关系 (1)n 从一棵有根树总可以产生一棵无根树n 而从无根树产生有根树需要额外的数据8无根树和有根树的关系 (2)n 一棵无根树可以产生多棵有根树9Willi Hennig (1913-1976)n 德国生物学家 ,被认为是系统发生学和分类学(cladistics; 也叫 cladogram)的奠基人n 据已知资料来看 ,他的观点并不是最早被阐述n 属达尔文学派 ;类似的观点另一学派的 Lamarck和 Rosa也有阐述n 可以认为是系统发生学的集大成者10
