精选优质文档-倾情为你奉上使用贝叶斯方法构建系统发育树MrBayes mrBayes需要的比对文件格式为:nex,可以在比对是选择输出此种文件格式mtBayes可以在命令提示符里面运行在CMD里面输入mrBayes,出现如下界面在界面内输入 exe file(或者execute file,其中file为序列文件名),得到如下界面如果没有错误,则说明数据文件格式是正确的。设置替换模型参数可以使用help lset查看lset设置的参数Nucmodel: 指的是核酸的类型。4by4指的是不区分序列上的位点。而codon指的是使用密码子模型。这时序列上每个位点的替换速率会根据密码子模型来推断。Doublet通常用于具有协同进化效应的序列。一般情况下可以使用4by4,如果是编码序列的话,最好使用codon Nst:核酸替换模型。1 是JC69模型,即单参数模型。2为F81模型。6为GTR模型。在mrBayes中,可以尝试分别使用三个模型运行,以选择最优的结果。Code: 指的是密码子编码的规律。Universal指的是通用密码子使用规律。如果是推测线粒体