引物设计的一般原则 郭大伟引物设计的一般原则 1. 引物长度 7. 发卡结构 2.GC% 8. 二聚体 3.Tm 值 9. 错配 4.3 端碱基要求 10. 交叉二聚体 5.5 端碱基要求 11. 产物长度 6.G 值 12. 评分引物长度 引物的长度一般为15-30 bp ，常用的是18-24 bp ，但不 应大于38 。 引物过短又同时会引起错配现象，一般来说引物长度大于 16bp 是必要的（不容易引起错配）。 例如：一个长度为12bp 的引物在人类基因组上存在200 个 潜在的退火位点(3 x 109/412=200 ). 而一个长度为20bp 的引物在人基因组上存在的退火位点只有1/400 个. 较长的引物（28-35bp) 一般是用来区分同源性较高的模板序列或者使用于产生一 些突变位点GC% 引物序列的GC 含量一般为40-60% ，过高或过低都不利于引发反应。 上下游引物的GC 含量不能相差太大 。Tm 值 Tm DNA 溶解温度，即DNA 的双链失去一半时的温度。 Tm 值计算的经验公式 Tm = 4 (G+C) + 2(A+T) 退火温度一般低于Tm ，退火温度越高，
