1、实用生物信息技术课程第 7 次作业1斑头雁血红蛋白序列、结构、功能、进化分析姓名_ 学号_ 日期_年_月_日1. 文献检索1) 以“hemoglobin” 检索 PubMed 文献摘要数据库。该数据库中收录斑头雁、灰雁和安第斯雁血红蛋白相关文献共_篇,其中_篇为综述。2) 上述文献中有关蛋白质晶体结构的文献共_篇,已经测定的结构包括_,其 PDB 代码为_。2. 序列比对1) 以“bar-headed goose hemoglobin”检索 UniProt/Swiss-Prot 序列数据库,该数据库中收录斑头雁序列共_条,其中血红蛋白序列_条。斑头雁血红蛋白 A 链序列登录号为_,名称为_。
2、2) UniRef 数据库中与该序列条目相似性高于 90的序列共_条,其中 Swiss-Prot数据库中收录_条。3) 下载上述 Swiss-Prot 数据库中收录的与斑头雁血红蛋白 A 链相似性高于 90的序列物种序列,进行多序列比对,结果表明,上述序列中变异位点共_个,约占_%,其中信息位点_个,约占 _%。3. 系统发育树构建1) 从 UniProt 数据库中提取鸟类代表性谱系血红蛋白不同亚基蛋白质序列,构建系统发生树。2) 分析所构建的系统发生树,说明斑头雁和其它鸟类的系统发生关系。 4. 结构分析1) 用蛋白质结构图形显示软件 Swiss-PdbViewer 比较斑头雁氧合血红蛋白(
3、1A4F )和灰雁氧合血红蛋白(1FAW )空间结构。斑头雁氧合血红蛋白 B 链有_个组氨酸残基,其中_与血色素环中央鉄原子共价结合,键长_埃;_与血色素环中央氧原子(OXY150)以氢键结合,键长为_埃;2) 用结构叠合(Fit )方法将斑头雁氧合血红蛋白 A 链 链二聚体和灰雁氧合血红蛋白 A 链 B 链二聚体按碳(CA )叠合,叠合后均方根误差( Root Mean Square Deviation, RMSD)为_埃;3) 找出斑头雁和灰雁血红蛋白 A 链第 119 位差异残基;斑头雁血红蛋白中该残基为_,其侧链碳原子(CB)与 B 链上距离小于 4 埃的残基共_个,分别为_;灰雁氧合血红蛋白中该残基为_,其侧链、 碳原子(CB、CG、CD)与 B 链上距离小于 4 埃的残基共_个,分别为_。5. 根据上述分析结果,阅读相关文献,简述斑头雁血红蛋白序列、结构、功能和进化关系。6. 将以上斑头雁血红蛋白分析策略用于自己课题相关蛋白质序列、结构、功能和演化分析,说明分析结果。