三维构型图的创建 -Chem 3D 使用 章永凡1. 分子构型的三维描述方法 直角坐标系方法 C 0.7 0.0 0.0 C -0.7 0.0 0.0 H 0.87 0.5 0.0 H -0.87 0.5 0.0 H -0.87 -0.5 0.0 H 0.87 -0.5 0.0 内坐标(z-matrix) 方法 内坐标与直角坐标之间的区别在于，它侧重于从原子之间 的键连角度来描述原子间的相对位置，具体参数包括： 键长：两个原子间的距离( 需用两个原子描述) 键角：确定二根键之间的夹角( 需用三个原子描述) 二面角：确定四个原子所在的两个平面之间的夹角 ( 需用四个原子描述)内坐标的输入格式为： 原子1,原子2,键长,原子3,键角,原子4,二面角 1 2 3 4 键长 键角 二面角C C 1 2 3 4 5 6 C C 1 1.3 H 1 1.0 2 120.0 H 1 1.0 2 120.0 3 180.0 H 2 1.0 1 120.0 3 0.0 H 2 1.0 1 120.0 3 180.0 在同侧共面 对同一构型，内坐标的表示并不唯一 C C 2 4 1 3 5 6 H C,1
