7.4 分子对接 分子对接方法在药物设计中取得巨大 的成功，已经成为基于结构药物设计的 最重要的方法之一 分子对接的最初思想起源于Fisher E 提出的“ 锁和钥匙模型” 。即受体与配体的相互识别首要 条件是空间结构的匹配 配体 受体 复合物 受体配体的锁和钥匙模型 Oh boy! What a perfect match 这类方法首先要建立大量 化合物（例如几十至上百万个 化合物）的三维结构数据库， 然后将库中的分子逐一与靶标 分子进行“ 对接” （docking ）， 通过不断优化小分子化合物的 位置（取向）以及分子内部柔 性键的二面角（构象），寻找 小分子化合物与靶标大分子作 用的最佳构象，计算其相互作 用及结合能。在库中所有分子 均完成了对接计算之后，即可 从中找出与靶标分子结合的最 佳分子（前50名或前100名） 分子对接的基本原理 药物与受体的结合强度取决于结合的自由能变化 G 结合 = H 结合 - TS 结合 = -RT ln Ki 大部分的分子对接法忽略了全部的熵效应，而在焓 效应也只考虑配体与受体的相互作用能，即： E interaction = E vdw +
