1、数量性状的TDT检验功效,华南农业大学动物科学学院张豪 博士,2018/9/24,2009信息学会,2,方差分析的缺陷,优点简单: 标准统计软件灵活: 可以分析各种已知的效应缺点假阳性，检验功效低受群体分层的影响解决办法提高阈值: Bonferroni t test换用其它的分析方法: TDT,2018/9/24,2009信息学会,3,原理 Xu(1995),2018/9/24,2009信息学会,4,混杂的概念,HLA座位的A1等位基因与用筷子吃饭能力用筷子吃饭: A1等位基因频率95%, 中国人不用筷子吃饭: A1等位基因频率5%, 白人人种为混杂因素家畜非随机交配, 引种等,2018/9/
2、24,2009信息学会,5,TDT,TDTTransmission disequilibrium test当存在连锁时, 检验是否存在关联不受群体分层等的影响风险因素(risk factor)影响疾病的座位,2018/9/24,2009信息学会,6,TDT,原理比较传递了某个等位基因的个体和没有传递某个等位基因的个体可用于只有两个等位基因的座位和多个等位基因的座位,2018/9/24,2009信息学会,7,病例-对照设计,“+”表示风险因素存在, “-”表示风险因素不存在. a 和 d 不提供任何信息. 已知 b + c 的总数, 如果病症和风险因素无关, b 和 c 有相同的概率0.5, b
3、|b+c服从二项分布B(b+c, ),李照海, 覃红, 张红, 2006,2018/9/24,2009信息学会,8,病例-对照设计,此时有,根据中心极限定理,服从标准正态分布,于是,服从2(1),McNemar Test,2018/9/24,2009信息学会,9,数量性状: 统计数,Yjk = 第 jth 个家系第 k 个后裔的性状值Ybar = 所有家系性状的均值TDSjk =第 jth 个家系第 k 个后裔从父亲继承的某个等位基因的指示变量TDDjk =第 jth 个家系第 k 个后裔从母亲继承的某个等位基因的指示变量,Z 服从自由度等于njk 1的 t 分布,Kolbehdari et
4、al. 2006,2018/9/24,2009信息学会,10,评价,实际上是传递了某个等位基因的个体与总体平均数的比较统计数绝对值下降, 降低检验功效,2018/9/24,2009信息学会,11,TDT的变体,Xiong et al. 1998,2018/9/24,2009信息学会,12,符号意义及评价,YMK = M 等位基因后裔的表型值Ymk = m 等位基因后裔的表型值nM = 传递给后裔 M 等位基因的杂合亲本数量nm = 传递给后裔 m 等位基因的杂合亲本数量k = 第 k 个亲本j = 第 k 个亲本第 j 个后裔,实际上为独立样本的 t 检验检验功效比较高, 因为统计数增大,20
5、18/9/24,2009信息学会,13,TDT: 回归法: 检验回归系数,Hernandez-Sanchea et al. 2003,2018/9/24,2009信息学会,14,原理,把自变量分为5类：-1，-1/2，0，1/2，1TD = Hf(Tf ) + Hm(Tm ) 如果亲本为“12”，则Hf(m)=1，否则等于0如果后裔从基因型为“12”的亲本遗传了等位基因“1”，则Tf(m) = 1，否则为0统计数：回归系数,2018/9/24,2009信息学会,15,群体分层的影响,D: 连锁不平衡S: 分层C: 重组率,Hernandez-Sanchea et al. 2003,2018/9
6、/24,2009信息学会,16,纵轴: P值, 横轴: 等位基因频率,Solid line = sires are heterozygous, and dams are randomly selected; broken line = both sires and dams are randomly selected 10 sires are typed; the ratio of dam to sire and the number of full sibs are 10 and 7 respectively,2018/9/24,2009信息学会,17,样本含量和检验功效,=both par
7、ents are heterozygous; =sires are heterozygous, and the frequency of trait-increasing allele equals 0.5; = sires are heterozygous, and the frequency of trait-increasing allele equals 0.1; =both parents are randomly selected, and the frequency of trait-increasing allele equals 0.5; = both parents are
8、 randomly selected, and the frequency of trait-increasing allele equals 0.1. In all the 5 cases, there are 10 sires and 100 dams.,2018/9/24,2009信息学会,18,样本含量固定,Case 1: 10 sires are typed, the ratio of dam to sire is 10, and the number of full sibs is 10. Case 2: 10 sires are typed, the ratio of dam to sire is 20, and the number of full sibs is 5. Case 3: 20 sires are typed, the ratio of dam to sire is 10, and the number of full sibs is 5,
